Karol Mossakowski begon op driejarige leeftijd met de piano en het orgel samen met zijn vader. Na zijn muzikale studies in Polen bij Elżbieta Karolak en Jarosław Tarnawski, ging hij orgel-, improvisatie- en compositielessen volgen aan het Parijse Conservatorium als leerling van Olivier Latry, Michel Bouvard, Thierry Escaich, Philippe Lefebvre en László Fassang.