Prieto is bekend om zijn liefde voor Latijns-Amerikaanse muziek en nieuwe muziek. Hij dirigeerde meer dan honderd wereldpremières van muzikale werken gemaakt door Mexicaanse en Amerikaanse componisten, vele in opdracht van Prieto. Hij hecht veel belang aan het steunen van muzikale werken van “zwarte” en Afrikaans Amerikaanse componisten zoals Florence Price, Margaret Bonds en Courtney Bryan, naast vele anderen. Prieto heeft een uitgebreide discografie onder labels zoals Naxos en Sony.

Prieto is de muziekdirecteur van het Orquesta Sinfónica Nacional de México, het meest belangrijke orkest van Mexico, sinds 2007. Een jaar eerder werd hij dat ook van het Louisiana Philharmonic Orchestra, waar hij een drijvende kracht was voor de culturele heropleving van New Orleans nadat de orkaan Katrina er toesloeg. In 2008 werd hij aangesteld als muziekdirecteur van het Orquesta Sinfónica de Minería, een zorgvuldig uitgekozen orkest dat gedurende twee maanden een serie van zomerprogramma’s bracht in Mexico City. In 2021 werd Prieto aangesteld als artistieke adviseur van het North Carolina Symphony Orchestra.

Recente hoogtepunten zijn samenwerkingen met het London Philharmonic Orchestra, het Minnesota Orchestra en de Los Angeles New Music Group. Prieto wordt veel gevraagd als gastdirigent bij vele Noord-Amerikaanse toporkesten en heeft een goede band met het Chicago Symphony Orchestra en het North Carolina Symphony Orchestra. Sinds 2002 is Prieto , naast Gustavo Dudamel, dirigent geweest van het Youth Orchestra of the Americas (YOA), dat jonge muzikanten van heel de Verenigde Staten trekt. Als voorstander van muziekeducatie, was Prieto dirigent van het YOA van zijn aanstelling tot 2011 wanneer hij muziekdirecteur werd. In het begin van 2010 dirigeerde hij naast Valery Gergiev het YOA op de 40ste verjaardag van het World Economic Forum te Carnegie Hall. Hij werkte ook regelmatig samen met het National Youth Orchestra of Great Britain en het NYO2 in New York.

Carlos Miguel Prieto behaalde diploma’s aan Princeton en Harvard. Hij studeerde directie bij Jorge Mester, Enrique Diemecke, Charles Bruck en Michael Jinbo.