Hendrickje Van Kerckhove studeerde aan het conservatorium van Antwerpen, de Operastudio Vlaanderen en de Muziekkapel Koningin Elisabeth, waar ze door Susanne Eken en José Van Dam gecoacht werd. In 2008 werd zij door de European Concert Hall Organisation (ECHO) uitgeroepen tot Rising Star.

In seizoen 2018-19 zingt Van Kerckhove onder andere de rol van Au Pair in de wereldcreatie van Frankenstein van componist Marc Grey (de Munt) en de hoofdrol in La veuve joyeuse met Brussels Philharmonic en het Vlaams Radio Koor. In concert zal ze onder meer te horen zijn met het Belgian National Orchestra, waarmee ze in Beethovens Musik zu Egmont zal soleren.

Naar aanleiding van de wereldcreatie van Philippe Boesmans’ opera Julie was Hendrickje Van Kerckhove voor het eerst te horen in de Munt (2005). Ondertussen zong ze er naast Blonde/Entführung aus dem Serail, Ernestine/Monsieur Choufleuri rentre chez lui, Karolka/Jenufa en Soeur Constance/Dialogues des Carmélites. Ook maakte ze in 2005 haar debuut bij de Bayerische Staatsoper te Munchen, waar ze sindsdien vele rollen vertolkte, onder meer Oscar/Ballo in Maschera en Voce dal Cielo/Don Carlo onder leiding van Zubin Mehta die haar meteen uitnodigde om Blonde/Entführung aus dem Serail aan de opera van Tel-Aviv te zingen. Een rol die ze ondertussen ook in het Gran Teatro del Liceu Barcelona en in de Munt hernam.

Andere belangrijke huizen waar ze sederdien haar opwachting maakten zijn Staatsoper unter der Linden Berlin, de Nederlandse Opera Amsterdam, de opera's van Nantes en Angers en de Opéra national du Rhin te Straatsburg waar ze 2014 met groots succes de rol van Claire in de wereldcreatie van Quai Ouest van de Franse componist Régis Campo voor haar rekening nam.

Hendrickje zong onder leiding van Philippe Herreweghe, Kazushi Ono, Enrique Mazzola, Zubin Mehta, Paul Daniel, Patrick Davin, Andreas en Christoph Spering, Bertrand de Billy, Theodor Guschlbauer, Louis Langrée, J. Cl. Casadesus, Walter Weller, Roland Böer, David Afkham, Hervé Niquet, Ingo Metzmacher, Ottavio Dantone en Marcus Bosch... en werkte samen met regisseurs als Christopher Loy, Luc Bondy, Ivo Van Hove, Robert Carsen, Kasper Holten, David MacVicar, Harry Kupfer, Romeo Castellucci, Matthew Jocelyn, Waut Koeken, Katie Mitchell, het duo Leiser Caurier, Guy Joosten, Olivier Py, Alvis Hermanis en Kristian Frédric