Depuis 2007, Prieto est le directeur musical de l'Orquesta Sinfónica Nacional de México, l'orchestre le plus important du Mexique. Un an plus tôt, il était également directeur musical de l'orchestre philharmonique de Louisiane, où il a joué un rôle moteur dans la renaissance culturelle de la Nouvelle-Orléans après le passage de l'ouragan Katrina. En 2008, il a été nommé directeur musical de l'Orquesta Sinfónica de Minería, un orchestre soigneusement sélectionné qui a exécuté une série de programmes d'été à Mexico pendant deux mois. En 2021, Prieto a été nommé conseiller artistique de l'orchestre symphonique de Caroline du Nord.

Parmi les faits marquants récents, citons des collaborations avec l'Orchestre philharmonique de Londres, l'Orchestre du Minnesota et le Los Angeles New Music Group. M. Prieto est très demandé en tant que chef invité par de nombreux orchestres nord-américains de premier plan et entretient de bonnes relations avec l'Orchestre symphonique de Chicago et l'Orchestre symphonique de Caroline du Nord.

Depuis 2002, Prieto dirige, aux côtés de Gustavo Dudamel, le Youth Orchestra of the Americas (YOA), qui attire des jeunes musiciens de tous les États-Unis.

Défenseur de l'éducation musicale, Prieto a été chef d'orchestre principal du YOA depuis sa création jusqu'en 2011, date à laquelle il est devenu directeur musical. Début 2010, il a dirigé le YOA aux côtés de Valery Gergiev lors du 40e anniversaire du Forum économique mondial au Carnegie Hall. Il a également travaillé régulièrement avec le National Youth Orchestra of Great Britain et le NYO2 à New York.

Prieto est connu pour son amour de la musique latino-américaine et de la musique nouvelle. Il a dirigé plus de 100 premières mondiales d'œuvres musicales de compositeurs mexicains et américains, dont beaucoup ont été commandées par Prieto. Il attache une grande importance au soutien des œuvres musicales de compositeurs "noirs" et afro-américains tels que Florence Price, Margaret Bonds et Courtney Bryan, parmi beaucoup d'autres. Prieto a une vaste discographie sous des labels tels que Naxos et Sony.

Carlos Miguel Prieto est diplômé des universités de Princeton et de Harvard. Il a étudié la direction d'orchestre avec Jorge Mester, Enrique Diemecke, Charles Bruck et Michael Jinbo.